Le nouvel organigramme du ministère des Habous et des Affaires Islamiques régi par le Dahir n° 1 - 03 - 193 du 9 Chaoual 1424 (4 décembre 2003) fixant les attributions et l'organisation du ministère des Habous et des affaires islamiques comprend deux nouvelles directions centrales: la direction des mosquées et la direction de l'enseignement traditionnel.

La direction des mosquées est composée de quatre divisions : la division de la programmation, la division de la construction et d’équipement des mosquées, la division de la gestion, et la division de la formation et de 13 services.

La direction de l’enseignement traditionnel est composée de trois divisions : la division de la planification et de la formation, la division des méthodes et des programmes de l’enseignement traditionnel et la division de la gestion des établissements  de l’enseignement traditionnel et de onze services.

Une nouvelle division a été ajoutée à la direction des études et des affaires générales. Il s’agit de la division de la coopération et de la communication qui comprend quatre services :  le service de la coopération avec les départements et organismes nationaux, le service de la coopération internationale, le service des marocains résidant à l’étranger et le service d’accueil et  de communication.

Une deuxième nouvelle division a été ajoutée à la direction des affaires islamiques. Il s’agit de la division du Saint Coran qui comprend trois services : le service de l’impression du Saint Coran, le service d’apprentissage du Saint Coran et le service des études et recherches dans le domaine des sciences  du Coran et du Hadith.